Ein Markerprotein existiert in der Zellmembran und dient als Identifikator der Zelle. Das Protein analysiert alle Eindringlinge, bindet sich an sie und induziert eine visuelle Reaktion, um seine Entscheidung zu treffen.
Das Immunsystem eines Körpers verwendet Markerproteine, um befreundete Zellen von fremden Eindringlingen zu unterscheiden. Markerproteine sind alle einzigartige Identifikatoren, so ähnlich wie menschliche Fingerabdrücke, keine zwei sind gleich.
Diese Proteine spielen beispielsweise bei der Organtransplantation beim Menschen eine wichtige Rolle. Wenn sich die Markerproteine des transplantierten Organs von denen des ursprünglichen Organs unterscheiden, wird der Körper es als fremden Eindringling abstoßen.