Einige der natürlichen Vegetation in Peru umfassen Monokotyledonen, Dikotyledonen, Polsterpflanzen wie Oxychloe andina, Bäume wie Buddleja coriacea und Grasland wie Blechnum loxense. Ungefähr 40 % des Landes in Peru sind von den Anden bedeckt. Der Rest des Landes bietet die Wälder und Dschungel der Amazonas-Region.
Es wird geschätzt, dass im Land 21.462 Arten leben, von denen 5.855 in Peru endemisch sind. Eine wichtige Ökoregion in Peru ist die Zentralandenregion Wet Puna, die sich in den Anden von Peru und Bolivien befindet. Es wird geschätzt, dass in dieser Region Perus zwischen 1.000 und 1.500 Gefäßpflanzen gefunden werden. Einkeimblättrige Pflanzen machen etwa 40 Prozent der Vegetation aus. Die riesige Pflanze Puya raimondii wächst in der Nähe von Huarez und gilt als eine der bekanntesten Pflanzen Perus.
In den Feuchtgebieten der Hochanden entdeckten Wissenschaftler die vor 2009 unbekannte Pflanze Senecio sanmarcosensis. Kakteen wachsen entlang der Küste Perus und im Hochland. Andere in Peru gefundene Vegetation umfasst Orchideen, Moos, Palmen, Baumkronen und Ichu-Gras.
