Flüsse sind das Hauptgewässer in tropischen Regenwäldern. Viele Regenwälder verfügen über einen großen Fluss, der das gesamte Ökosystem speist, und viele kleinere Flüsse, die in die großen Gewässer wie den Amazonas münden und seine vielen Nebenflüsse.
Der bekannteste Regenwaldfluss ist der Amazonas, der mit 7.381.000 Kubikfuß pro Sekunde auch der größte Fluss der Welt nach Wasserabfluss ist. Der Amazonas ist während der Trockenzeit des Regenwaldes 1 bis 6 Meilen breit, kann aber in der Regenzeit bis zu 30 Meilen breit sein. Er ist auch der zweitlängste Fluss der Welt und das größte Einzugsgebiet.