Bakterien besetzen ihren eigenen Lebensbereich. Die Domäne Eubakterien ist enorm vielfältig und umfasst laut LSPN-Klassifikationsschema nicht weniger als 30 verschiedene Stämme. Aufgrund des Eifers, mit dem Bakterien Gene durch lateralen Gentransfer über Artengrenzen hinweg austauschen, ist es schwierig, eindeutige Klassifizierungen nach Abstammungslinien mit Sicherheit zu erstellen.
Taxonomen teilen das Leben in große Unterordnungen ein, hauptsächlich Domäne, Königreich, Stamm und Klasse. Bakterien gehören zur Domäne Eubakterien, die eine der drei Domänen des Lebens auf der Erde ist. Laut Wikipedia kann die alte Bezeichnung für Bakterien, Prokaryota, nur verwendet werden, um Bakterien und Archaeen von den Pflanzen, Tieren und Pilzen von Eukaryota zu unterscheiden und ist daher von begrenztem Wert. Innerhalb von Eubakterien werden Organismen in Stämme und Klassen eingeteilt, obwohl diese Klassifizierungsstufen für Eukaryoten entwickelt wurden und die Häufigkeit, mit der Bakterien mit genetischem Material handeln, nicht berücksichtigen können.
Traditionelle Phylogenie-Linien beginnen sich auf Ebenen unterhalb der Klasse aufzulösen, da bakterielle "Arten" selten in genetischer Isolation existieren, stellt Wikipedia fest. Die Klassifizierung auf niedrigerer Ebene wird daher weitgehend zu einer Ansichtssache, da die Mehrheitsähnlichkeitsregel zur Identifizierung einer Bakterienart, wenn sie auf Säugetiere angewendet wird, Menschen, Affen und Affen als eine einzige "Art" zusammenfassen würde.
