Der wichtigste Vorteil kundenspezifischer Software ist, dass sie auf die spezifischen Bedürfnisse der Benutzer zugeschnitten ist. Ein Unternehmen muss seine Prozesse nicht anpassen, um die Software vollständig nutzen zu können. Maßgeschneiderte Software ist skalierbarer als vorgefertigte Softwarepakete. Es spart auch Geld bei den Anschaffungskosten der Hardware.
Kundenspezifische Software wurde speziell entwickelt, um die Anforderungen eines bestimmten Unternehmens zu erfüllen. Diese Art von Software kann dazu beitragen, ein Unternehmen vor externen Bedrohungen zu schützen. Häufig verwendete Standardsoftware ist anfällig für Hacker. Auf der anderen Seite kann kundenspezifische Software ein unwahrscheinliches Ziel für Hacker sein, da es möglicherweise viel mehr Aufwand erfordert, um zu verstehen, wie man in das System eindringt. Maßgeschneiderte Software ist eher kompatibel mit den bestehenden Systemen. Es ist eher unwahrscheinlich, dass sich mehrere vorgefertigte Softwarepakete perfekt und ohne Fehler abstimmen. Benutzer können benutzerdefinierte Anwendungen so lange warten, wie sie benötigt werden. Bei vorgefertigten Softwarepaketen hingegen ist ein Unternehmen den Softwareentwicklern oder -lieferanten ausgeliefert. Für den Fall, dass die Softwareentwickler ihr Geschäft aufgeben oder sich entscheiden, das Produkt nicht zu warten, ist der Benutzer gezwungen, auf Software umzusteigen.