Der Unterschied zwischen den beiden Begriffen besteht hauptsächlich darin, dass organische Verbindungen Kohlenstoff enthalten, während fast alle anorganischen Verbindungen dies nicht tun. Es gibt jedoch einige anorganische Verbindungen, die noch Kohlenstoff enthalten, wie zum Beispiel Kohlendioxid. Fast alle organischen Verbindungen enthalten Kohlenstoff-Wasserstoff-Bindungen, und einige Wissenschaftler haben empfohlen, diese Anforderung in die Definition organischer Verbindungen aufzunehmen.
Sciences360 erklärt, dass diese Unterscheidung keine formale wissenschaftliche Klassifikation ist, sondern nur eine nützliche Kategorisierung von kohlenstoffbasierten Verbindungen. Als organische Moleküle werden Moleküle bezeichnet, aus denen die Bestandteile von Lebewesen, die Bausteine des Lebens, wie Proteine, Fette, Zucker und Enzyme bestehen. Diese komplexen organischen Verbindungen basieren auf Kohlenstoff, da es unter den Elementen die einzigartige Fähigkeit besitzt, bis zu vier verschiedene kovalente Bindungen pro Atom zu bilden und im Wesentlichen unbegrenzt mit anderen Kohlenstoffatomen zu binden. Diese Eigenschaft ermöglicht es, Verbindungen mit einer fast grenzenlosen Strukturvielfalt zu bilden.
Ein weiterer Unterschied besteht darin, dass anorganische Moleküle im Vergleich zu organischen Verbindungen oft viel einfacher in ihrer Zusammensetzung sind. Kochsalz zum Beispiel ist eine anorganische Verbindung, die aus einem Natrium- und einem Chloratom besteht, während eines der komplexesten organischen Moleküle die menschliche DNA ist, eine Verbindung, die Tausende von Atomen lang sein kann.