Der wesentliche Unterschied zwischen Meiose I und Meiose II liegt in der Absicht. Meiose I dient der Bildung von zwei haploiden Zellen aus einer diploiden Zelle, während Meiose II dazu gedacht ist, die Schwesterchromatiden in den haploiden zu spalten in Meiose I produzierten Zellen, die vier Tochterzellen bilden. Meiose I rekombiniert oder mischt auch Gene auf jedem Chromosomenpaar. Meiose I und Meiose II treten nacheinander auf.
Die überwiegende Mehrheit der Zellen im Körper eines Organismus ist diploid; sie enthalten zwei Paare jedes Chromosoms. Chromosomen sind die physikalischen Strukturen, auf denen sich Gene befinden. Für die sexuelle Fortpflanzung sind jedoch haploide Zellen notwendig, die nur eine Kopie jedes Chromosoms enthalten. Andernfalls hätten die erzeugten Nachkommen zu viele Chromosomen und könnten niemals überleben.
Meiose I mischt die Gene auf den Elternchromosomen, um die genetische Vielfalt sicherzustellen, und trennt dann jedes Chromosomenpaar in zwei neue Tochterzellen. Jedes dieser Chromosomen besteht aus zwei Chromatiden, die aufgrund der Rekombination unterschiedliche Kombinationen der Gene der Eltern tragen. Der Zweck der Meiose II besteht darin, jedes Chromatid zu spalten, wodurch vier haploide Zellen entstehen. Diese vier Zellen werden Gameten genannt.
Der Mensch trägt beispielsweise 46 Chromosomen in seinen nicht fortpflanzungsfähigen Zellen. Meiose I produziert beim Menschen zwei haploide Zellen mit 23 Chromosomen oder Chromatidenpaaren, und Meiose II spaltet diese Zellen in vier neue Zellen auf, von denen jede 23 Chromatiden trägt. Diese Gameten sind beim Menschen besser bekannt als Samenzellen und Eizellen. Wenn sie während der sexuellen Fortpflanzung verschmelzen, bilden sie eine Zelle, die Zygote genannt wird, die wiederum mit 46 Chromosomen diploid ist. Das Mischen von Genen während der Meiose und das Mischen von elterlichen Genen während der sexuellen Fortpflanzung tragen dazu bei, die genetische Vielfalt in einer Art zu gewährleisten.