Das Hauptmerkmal, das Ester von Ether unterscheidet, ist ihre unterschiedliche Struktur. Die als Ester bekannte Verbindung besitzt eine Kohlenstoff-Carbonyl-Sauerstoff-Bindung, während die Etherverbindung eine Kohlenstoff-Sauerstoff-Kohlenstoff-Bindung aufweist.
Normalerweise ist Ester ein Derivat von Carbonsäuren und Alkohol, während Ether als organische Verbindung angesehen wird. Ester kommen natürlicherweise in den meisten Lebensmitteln vor, insbesondere in Früchten, und geben verschiedene Düfte ab, die üblicherweise in Duftstoffen, Pheromonen und ätherischen Ölen verwendet werden. Auch Ester stammen aus natürlichen Ölen und Fetten.
Ether sind weniger polar als Ester. Aufgrund ihrer Flüchtigkeit können Ester mit einem Laborverfahren namens Gaschromatographie identifiziert werden. Ether sind sehr stabile Verbindungen und haben eine relativ geringe chemische Reaktivität. Diese Stabilität ist auf die Unfähigkeit eines Ethers zurückzuführen, mit aktiven Metallen, Basen, Reduktionsmitteln, Oxidationsmitteln und verdünnten Säuren zu reagieren. Ester sind flexibler und haben eine niedrige Polarität. Diese Eigenschaften führen dazu, dass Ester flüchtiger und weniger starr sind.
Im Allgemeinen werden Ester in einem Labor mit einem Verfahren hergestellt, das als Veresterung bezeichnet wird. Ester können auch durch Alkoholyse von Säurechloriden und Säureanhydriden hergestellt werden. Ether können in einem Labor mit verschiedenen Methoden synthetisiert werden. Die Dehydratisierung von Alkoholen und die Williamson-Ethersynthese sind zwei gängige Methoden zur Synthese von Ethern.