Es gibt mehrere Unterschiede zwischen natürlichen und künstlichen Ökosystemen, darunter Nachhaltigkeit, Vielfalt und Zweck. Ein natürliches Ökosystem weist eine vielfältige Arten- und Pflanzenvielfalt auf, während künstliche Ökosysteme begrenzt sind. Natürliche Ökosysteme sind selbsttragend und resultieren aus spontanen natürlichen Reaktionen, während künstliche Ökosysteme die Hilfe des Menschen erfordern.
Ein natürliches Ökosystem ist das Ergebnis von Interaktionen zwischen Organismen und der Umwelt. Ein Ozean wird beispielsweise als marines Ökosystem klassifiziert, das aus Algen, Verbrauchern und Zersetzern besteht. In dieser Art von Ökosystem findet ein Kreislauf statt, der damit beginnt, dass Algen Energie durch Photosynthese umwandeln. Nachdem sich die Verbraucher von den Algen ernähren, wird Energie zwischen den Organismen übertragen. Sobald Verbraucher in diesem System sterben, verwandeln Zersetzer sie in organische Substanz. Dieser Prozess läuft auf natürliche Weise über einen bestimmten Zeitraum ab, während in einem künstlichen Ökosystem ein menschliches Eingreifen erforderlich ist.
Ein künstliches Ökosystem ist nicht selbsttragend und das Ökosystem würde ohne menschliche Hilfe zugrunde gehen. Eine Farm ist beispielsweise ein künstliches Ökosystem, das aus Pflanzen und Arten außerhalb ihres natürlichen Lebensraums besteht. Ohne den Menschen könnte sich dieses Ökosystem nicht selbst erhalten. Die Pflanzen und Tiere brauchen die Hilfe des Menschen, um zu essen und zu überleben. Der Zweck künstlicher Ökosysteme ist Erholung, Bildung oder Gewinn. Der Zweck natürlicher Ökosysteme sind einfach natürliche Umstände.
Ein weiterer wesentlicher Unterschied zwischen einem natürlichen Ökosystem und künstlichen Ökosystemen ist die Vielfalt. Natürliche Ökosysteme enthalten mehr natürliche Faktoren und Organismen. Die Beziehungen zwischen Organismen, untereinander und der Umwelt in diesem Ökosystem sind komplexer als die von künstlichen Ökosystemen.