Der Mechanismus der Anfärbung von Pilzen durch Lactophenol-Baumwollblau ist die Verwendung von Lactophenol als Reinigungsmittel, was bedeutet, dass es den Organismus abtöten kann. Dann erhält Milchsäure die Struktur des Pilzes. Baumwollblau kann das Zytoplasma mit einem bestimmten hellblauen Farbton färben, sodass Wissenschaftler den Objektträger mit den Pilzzellen beobachten können.
Das Färben einer Probe einer Zelle ist der Vorgang des Färbens oder der visuellen Unterscheidung bestimmter Teile der Zelle voneinander. Auf diese Weise können Wissenschaftler die Teile der Zelle unterscheiden und klarer beobachten. Die Färbung eukaryontischer Organismen kann für das menschliche Verständnis bestimmter biologischer Prozesse und Phänomene von entscheidender Bedeutung sein. Das Verständnis bestimmter Pilzarten kann bei der Entwicklung von Antibiotika und anderen Produkten hilfreich sein und wird sogar zur Fermentation oder zur Vorbeugung von Krankheiten in der Landwirtschaft verwendet.
Bei Verwendung der Laktophenol-Baumwollblau-Färbetechnik muss ein Wissenschaftler einen sauberen Objektträger nehmen und einen Tropfen Lactophenol-Baumwollblau-Lösung darauf geben. Dann kann eine sterilisierte Nadel eine Matte auf diese Flüssigkeit übertragen, bevor sie mit einem anderen Slip bedeckt wird. Dadurch kann das Lactophenol den Organismus reinigen und abtöten und die Milchsäure behält ihre Form. Die Zelle kann dann gefärbt und beobachtet werden.