Die einzige Sekretion der Speiseröhre ist Schleim zur Schmierung. Die Speiseröhre sondert keine Verdauungschemikalien ab, da ihre Aufgabe darin besteht, Nahrungsboli vom Rachen in den Magen zu transportieren.
Der Schleim wird von Schleimdrüsen produziert, die sich in der Schleimhaut, der Auskleidung der Speiseröhre, befinden. Diese Auskleidung besteht aus geschichtetem Plattenepithel, das gegen Verletzungen durch abrasive Lebensmittel resistent ist. Während des Schluckens dehnen Nahrungsboli die Speiseröhre aus, wodurch Schleim aus den Schleimdrüsen ausgedrückt wird. Peristaltische Kontraktionen treiben die Nahrung dann in den Magen. Beim Menschen dauert es vier bis fünf Sekunden, bis ein Nahrungsbolus die Speiseröhre passiert hat.