Saurer Regen bedroht und schädigt das Ökosystem. Es kann das Wachstum von Bäumen hemmen, den Säuregehalt des Wassers verändern und Giftstoffe aus dem Boden freisetzen, die vielen Wassertieren und Lebewesen schaden. Es schwächt auch die Materialien und beschleunigt die natürliche Erosion von Betonstrukturen.
Die Auswirkungen von saurem Regen sind in Gewässern wie Sümpfen, Flüssen, Seen und Bächen deutlicher spürbar. Die meisten Oberflächengewässer haben einen pH-Wert zwischen 6 und 8; Wenn saurer Regen direkt auf das Wasser fällt oder vom Land abläuft und in die Bäche gelangt, nimmt der Säuregehalt des Wassers zu. Ein Gewässer mit einem niedrigen pH-Wert kann kein neues Leben erhalten. Sümpfe mit ihren fragilen Ökosystemen können am meisten unter dem Verlust einer Fischart leiden, da die Tiere in solchen Ökosystemen für ihr Gedeihen voneinander abhängig sind.
Sauerer Regen verhindert auch ein gesundes Wachstum von Pflanzen und Bäumen. Wenn saurer Regen auf die Blätter fällt, trägt er den Schutzmantel der Blätter ab und verhindert, dass sie richtig Photosynthese betreiben. Wenn der saure Regen auf den Boden rieselt, aktiviert er Schadstoffe wie Aluminium in den Boden und gelangt dann in Bäche und Seen. Saurer Regen löst auch die Nährstoffe und Mineralien im Boden auf, die das Pflanzen- und Baumwachstum fördern.