Lemuren sind wegen der Zerstörung ihres Lebensraums im Tropenwald gefährdet. Eine weitere Ursache ist der beschleunigte Holzeinschlag, der durch die zunehmende Armut als Folge der politischen Unruhen in den Regionen, in denen der Lemur lebt, verursacht wird. Die Jagd stellt auch ein Risiko für die Lemurenpopulation dar.
Von den 103 bekannten Lemurenarten sind 91 Prozent bedroht. Dies führte dazu, dass der Madagaskar-Lemur von der International Union for Conservation of Nature's Species Survival Commission als der am nächsten vom Aussterben bedrohte Lemur genannt wurde. Insgesamt 23 Arten sind ab 2015 vom Aussterben bedroht, 52 sind vom Aussterben bedroht und 19 sind als gefährdet eingestuft. Lemuren sind die am stärksten gefährdeten Wirbeltiere.