Spinnenaffen sind hauptsächlich durch Lebensraumverlust und Jagd gefährdet. Ihre langsame Fortpflanzungsrate macht sie auch anfällig, da ein weiblicher Klammeraffen nur alle zwei bis vier Jahre ein Baby bekommt.
Der Verlust des Lebensraums der Spinnenaffen erfolgt durch Abholzung von Wäldern sowie durch Rodung für Landnutzung wie Brandrodung, Viehzucht und kommerzielle Landwirtschaft für Pflanzen wie Kaffee, Kakao und Soja. Holzplantagen ersetzen einheimische Wälder. Der Abbau von Bauxit, Ton, Granit und Sand verursacht Entwaldung, Erosion und die Verschmutzung der Süßwasservorräte. Durch illegale Palmenernte werden ganze Palmenbestände dezimiert. Autobahnen, Ackerland und städtische Gebiete unterbrechen Lebensräume, und weil sie altes Wachstum bevorzugen und gestörte Gebiete meiden, reagieren Klammeraffen nicht gut auf die Fragmentierung von Lebensräumen. In einigen Gebieten werden Klammeraffen zum Sport und zur Nahrungssuche gejagt. Sie werden auch für den Tierhandel gefangen genommen.
Seit 2014 umfassen die Bemühungen zum Schutz von Klammeraffen Untersuchungen zur Größe und zum Status der aktuellen Populationen, zur Wirksamkeit von Schutzgebieten und zum Ausmaß der Wilderei. In südamerikanischen Ländern wie Brasilien, Kolumbien, Ecuador, Peru und Venezuela sind eine Reihe von Nationalparks, State Parks und Umweltschutzgebieten entstanden. In einigen Gebieten erschweren jedoch die Präsenz politischer Aufständischer und des Militärs sowie das Fehlen von Parkwächtern die Durchsetzung.
