Pastor John Hagee ließ sich 1975 von seiner ersten Frau Martha scheiden. Die beiden waren seit 15 Jahren verheiratet und hatten zwei Kinder: einen Sohn namens Christopher und eine Tochter namens Tish.
Der Pastor der Cornerstone Church heiratete etwa ein Jahr später seine zweite Frau Diana. Mit seiner Frau Diana hat er drei Kinder – Matthew, Christina und Sandy – sowie acht Enkelkinder (2014). Matthew wurde leitender Pastor in der Kirche seines Vaters.
Hagee ist nicht nur Pastor einer großen, nicht-konfessionellen Kirche, sondern hat auch eine Reihe von Büchern geschrieben und reist oft mit seiner Familie als Teil einer Gesangsgruppe.
