Laut Portland Community College gehören Bakterien eigentlich zu zwei Königreichen: Archaebakterien und Eubakterien. Archaebakterien umfassen die Bakterien, die in den feindlichsten Umgebungen der Erde leben, wie zum Beispiel in Thermalquellen. Eubakterien sind die häufiger vorkommenden Organismen, wie sie im menschlichen Verdauungssystem vorkommen.
Diese beiden Königreiche enthalten die einzigen Prokaryoten unter den sechs Reichen des Lebens. Prokaryoten sind einzellige Organismen, die innerhalb ihrer Zellen keine Strukturen haben, die als Organellen bezeichnet werden. Alle Bakterien haben Zellwände und sind die kleinsten Zellen unter den Lebewesen. Manche Bakterien stellen ihre Nahrung selbst her, während andere zum Überleben Stoffe aus ihrer Umgebung aufnehmen müssen. Die Bakterien unterscheiden sich in Struktur und Funktion stark voneinander.
