Seit ihrer Entdeckung im Jahr 1757 wurden Amöben in fast jedem erdenklichen aquatischen Lebensraum gefunden. Sie sind in Süß- und Salzwasser, Flüssen, Bächen und Bächen endemisch. Einige Amöben können im Morgentau gefunden werden, während andere parasitär sind und in den Körpern anderer Organismen leben.
Wo sie in stehenden Gewässern leben, neigen Amöben dazu, sich am Boden oder in der Nähe des Schlamms zu sammeln. Diese Affinität zu feuchten Sedimenten überträgt sich auf terrestrische Amöben, die in feuchten Böden gedeihen. Wenn ihre Umgebung austrocknet oder auf andere Weise feindlich wird, reagieren viele Amöbenarten, indem sie eine Zyste bilden und überwintern, bis sich die Bedingungen verbessern.
