Kalkstein selbst wirkt sich nicht auf die Umwelt aus, der Abbau von Kalkstein kann jedoch negative Auswirkungen haben. Andererseits kann die Umwelt Kalkstein beeinflussen, indem sie ihn abbaut.
Der Abbau von Kalkstein kann das Wasser verschmutzen und Dolinen schaffen. Wenn sich Kalkstein im Boden auflöst, bilden sich Höhlen und Rinnen, ein Naturphänomen, das als Karst bekannt ist. Obwohl dies der Umwelt in seiner natürlichen Form nicht schadet, können sich nach dem Abbau des Kalksteins Dolinen bilden und unterirdische Wasserwege stören. Dadurch verändert sich der natürliche Grundwasserspiegel. Der eigentliche Abbauprozess verändert auch bestehende Wasserstraßen, indem Bäche und andere Gewässer mit zusätzlichem Wasser versorgt werden, das nicht nur die Umgebung überschwemmt, sondern auch Schadstoffe hinzufügt. Gleichzeitig zieht es Wasser aus anderen Merkmalen wie Seen und Teichen.
Kalkstein kann durch die Umwelt durch Wetter und Wassererosion geschädigt werden. Der Stein nimmt Wasser auf, das ihn mit der Zeit zersetzen kann. Wenn das Wasser einen hohen Säuregehalt hat, ist der Schaden unmittelbarer. Wind kann Steindetails abtragen. Kalkstein ist auch anfällig für Verfärbungen durch Einwirkung von Öl, Farbstoffen oder sogar organischem Material wie Vogelkot oder zersetzendem Pflanzenmaterial. Es kann sogar Rostflecken bekommen, wenn es oxidierendem Eisen ausgesetzt wird.
