Der Nil hat eine durchschnittliche Tiefe von 6 bis 36 Fuß. Sie kann sich bei Hochwasser erheblich ändern. In der Antike stieg das Wasser des Nils an und überflutete die umliegenden Ebenen. Der Bau des Assuan-Staudamms hat diese natürliche Überschwemmung weitgehend beendet.
Die Überschwemmung des Nils war entscheidend für die Landwirtschaft im alten Ägypten. Die Priester des alten Ägypten maßen den Pegel des Nils, um die Flut vorherzusagen. Während das durchschnittliche Hochwasser den Wasserspiegel des Flusses um etwa 6 1/2 Fuß erhöhte, brachten schwere Überschwemmungen einen Anstieg des Wasserspiegels um 39 Fuß. Die Überschwemmung des Nils setzte sich bis ins 19. Jahrhundert fort, wobei 1885 ein Anstieg des Wasserspiegels von 26 1/2 Fuß festgestellt wurde.