Der Nil und seine angrenzenden Seen beherbergen über 100 Fischarten, darunter Barsch, Wels und Tilapia. Tilapia und Barsch sind beliebte Speisefische mit schnellen Reproduktionszyklen. Nilwelse leben am Grund des Flusses und sind auch essbar, aber in vielen Kulturen unbeliebt, weil sie tote und sterbende Fische und anderes Material fressen, das ins Flussbett sinkt.
Nilbarsche sind aggressive Raubtiere. Erwachsene Exemplare sind silbern mit einem dünnen blauen Streifen auf beiden Seiten. Sie sind oft über 5 Fuß lang und wiegen mehr als 300 Pfund. Diese lebhaften Fische sind bei Sportanglern beliebt und ein wichtiger Bestandteil der Tourismusbranche im und um das Nilbecken.
Silbercypriniden sind auch im Ökosystem des Nils reichlich vorhanden. Diese Strahlenflosser leben im Viktoriasee, einer der größten und wichtigsten Quellen des Nils. Cypriniden sind nachtaktiv und werden von leuchtenden Ködern angezogen, insbesondere in bewölkten oder mondlosen Nächten. Diese Fische sind eine der wichtigsten Proteinquellen für den Menschen in Uganda, Tansania und Kenia.
Im Nil und an seinen Ufern leben auch viele andere Tiere. Dazu gehören Nilpferde und Nashörner. Flusspferde sind wegen ihrer extremen Aggression gegenüber Menschen, ihrer bemerkenswerten Laufgeschwindigkeit und ihrer immens kräftigen Kiefer besonders furchterregend.
