Das Ziel von Clue Jr. ist es herauszufinden, welches Kind sich mit welchem Haustier in welchem Zimmer versteckt. Um das Rätsel zu lösen, muss ein Spieler alle Räume besuchen, die Türen öffnen, um versteckte Hinweise zu finden, und die Kinder, Haustiere und Räume, die er dort findet, von seinem Detektiv-Notizblock streichen. Jedes Mal, wenn ein Element von der Liste gestrichen wird, wird entweder ein Kind, ein Zimmer oder ein Haustier eliminiert.
Ein Spieler dreht den Zahlendreher in seinem Zug und bewegt seine Figur um die richtige Anzahl Felder in eine beliebige Richtung. Wenn sie vor einem der Zimmer auf einem Teppich landet, kann sie die Tür öffnen. Alle Gegenstände, die dort zu sehen sind, sollten von ihrem Detektivnotizblock gestrichen werden. Sie bleibt dort bis zu ihrem nächsten Zug, wenn sie sich drehen und wieder bewegen kann. Wenn sie auf einer Geheimgangtreppe landet, bewegt sie sich durch den Gang und verlässt das Feld auf der anderen Seite des Spielplans.
Die Spieler drehen sich abwechselnd weiter, bis ein Spieler nur noch ein Kind, ein Zimmer und ein Haustier auf seinem Detektivnotizblock hat. Der Spieler sollte den anderen Spielern das Haustier, das Kind und den Raum mitteilen, die auf ihrem Notizblock verbleiben. Wenn diese mit den Karten in der klaren blauen Enthüllungstür übereinstimmen, gewinnt sie. Wenn sie nicht übereinstimmen, ist sie aus dem Spiel und das Spiel wird fortgesetzt, bis ein anderer Spieler richtig rät.
