Der Zellkern steuert indirekt, was in einem Lysosom passiert, indem er DNA produziert, die in ein Protein kopiert wird, das dann an die DNA bindet, die Lysosomen bildet. Lysosomen, kleine enzymgefüllte Säcke, sind für die Verdauung von Fremdpartikeln oder überschüssigen Molekülen in der Zelle verantwortlich. Dieser erste DNA-Typ hat die Fähigkeit, bestimmte Gene in der lysosombildenden DNA zu aktivieren und dadurch die Eigenschaften und Funktionen der Lysosomen zu kontrollieren.
Das Gen, das die Lysosomenproduktion im Zellkern steuert, wird TFEB genannt. Ein TFEB-Gen kann viele doppelte Proteine herstellen, von denen jedes an neue Arbeitergene bindet und diese aktiviert. Im Zellkern selbst sind Proteine, sogenannte Transkriptionsfaktoren, für die Aktivierung von TFEB verantwortlich. Sie wandeln es von DNA in RNA um, die in ein Protein kopiert werden kann. Der Zellkern hat somit die Kontrolle darüber, wie viele lysosombildende Proteine wie schnell hergestellt werden. Laut Science Magazine gibt es bei einer Überproduktion des TFEB-Gens auch eine Überproduktion von Lysosomen.
Die in Lysosomen vorkommenden Enzyme werden nicht vom Zellkern, sondern von einer Organelle namens Golgi-Apparat produziert. Diese Enzyme sind in der Lage, Proteine, Zucker, Fette und andere Lipide, Nukleinsäuren und schädliche Bakterien von außerhalb der Zelle zu verdauen.
