Einige der beliebtesten Pokémon-Charaktere sind Pikachu, Mewtu, Squirtle, Charmander und Bulbasaur. Diese Pokémon genießen bei den Fans einen hohen Stellenwert und sind alle in den Filmen und TV-Shows der Franchise zu sehen.
Pikachu ist mit Abstand der kultigste Charakter der Serie und das Flaggschiff-Pokémon und das ursprüngliche Maskottchen der Franchise. Das winzige elektrische Nagetier ist untrennbar mit Pokémon selbst verbunden und einer der wenigen Charaktere, die wahrscheinlich auch von Personen ohne Kenntnis der Serie erkannt werden. Auch wenn Hardcore-Fans seine Übersättigung vielleicht nicht zu schätzen wissen, lässt sich Pikachus Popularität nicht leugnen.
Metwos Popularität war von Anfang an gesichert. Mewtu, ein mächtiges Psycho-Pokémon, ist tief im Unbekannten Dungeon versteckt, einem Bereich, der erst zugänglich wird, nachdem die Spieler den Rest des Spiels abgeschlossen haben. Mewtus Bekanntheit führte zu Auftritten in anderen Medien, darunter dem ersten Pokémon-Film und Nintendos beliebtem Kampfspiel „Super Smash Bros.“
Spieler starten die Originalversion von Pokémon, indem sie eines von drei Basis-Pokémon auswählen: Bisasam, Squirtle oder Charmander. Das ursprüngliche „Starter“-Pokémon, das drei der wichtigsten Elementartypen der Serie repräsentiert, entweder Gras, Wasser oder Feuer, entwickelt sich zu einigen der mächtigsten Kreaturen im Spiel. Ihre Geschichte, Nützlichkeit und prominenten Auftritte in der ursprünglichen Pokémon-TV-Serie machen Bisasam, Squirtle und Charmander zu drei der beliebtesten Pokémon überhaupt.