Protozoen bewegen sich durch Zellausdehnung, Geißeln und Zilien; die Art der Fortbewegung wird durch die Art des Organismus und die Umgebung bestimmt. Protozoen werden in drei Gruppen eingeteilt: Ciliaten, Amöben und Flagellaten. Ciliaten bewegen sich mit winzigen Flimmerhärchen, Flagellaten bewegen sich durch das Wasser mit Flagellen als Ruder und Paddel und Amöben kriechen über Oberflächen, indem sie Teile ihrer Zellen ausdehnen.
Ciliaten bilden die größte Gruppe von Protozoen. Diese Organismen variieren in der Größe und leben oft in wässrigen Umgebungen, einschließlich Ozeanen, Sümpfen, Buchten und Bächen. Diese Organismen enthalten spezielle Strukturen, die als Flimmerhärchen bezeichnet werden und im Wesentlichen winzige haarähnliche Strähnen sind, die als Sensoren und winzige Gliedmaßen fungieren. Ciliaten haben mehrere hundert Flimmerhärchen, die ihren Körper bedecken. Wassergetragene Ciliaten benutzen ihre Flimmerhärchen, um sich durch das Wasser zu bewegen, indem sie sie in rhythmischen Mustern in einer Bewegung schlagen, die den Schlägen von Rudern ähnelt. Flagellaten leben auch hauptsächlich im Wasser und bewegen sich mit ihren langen schwanzartigen Geißeln durch das Wasser. Diese Geißeln wirken wie Ruder, indem sie helfen, die Geißeln während ihrer Bewegung zu stabilisieren. Die Bewegungen von Ciliaten und Flagellaten unterscheiden sich deutlich von Amöben, die flexible Zellmembranen haben, die als Füße fungieren. Amöben überqueren Oberflächen, indem sie diese Zellstrukturen strecken, biegen und krümmen, die sich nach außen wölben, um Amöben zu helfen, sich in ihrer Umgebung zu bewegen.