Die beiden Länder mit quadratischen Flaggen sind die Schweiz und der Vatikan. Die Schweizer Flagge ist jedoch bei den Olympischen Spielen mit einem rechteckigen Verhältnis von 2:3 zu sehen, das mit den Flaggen der anderen Länder übereinstimmt.
Die Schweizer Flagge ist quadratisch und rot mit einem weißen Kreuz. Auf See wird jedoch die Schweizer Marineflagge verwendet; es hat 2:3 rechteckige Proportionen anstelle der 1:1 quadratischen Proportionen. Die Flagge wird in quadratischen Standardproportionen gehalten, wenn sie außerhalb des UN-Hauptquartiers in New York und Genf gehisst wird.
Die Flagge des Vatikans ist vertikal geteilt mit Gelb auf der linken Seite und Weiß auf der rechten Seite. Auf der weißen rechten Seite befindet sich ein Emblem mit zwei gekreuzten Schlüsseln mit einer päpstlichen Tiara. Das Emblem ist ein Hinweis auf die Schlüssel, die im Neuen Testament der Bibel erwähnt werden und symbolisiert entweder den Zugang des Petrus zum Himmelreich oder die Herrschaft des Papsttums über zeitliche und geistliche Angelegenheiten. Die Vatikanflagge war früher rot und golden, wurde aber im frühen 19. Jahrhundert auf die gelben und weißen Streifen umgestellt. Früher gab es auch Darstellungen von St. Peter und St. Paul.
