Die beiden Hauptunterschiede zwischen methodistischen und presbyterianischen Überzeugungen bestehen darin, dass Methodisten die calvinistische Doktrin der Prädestination ablehnen, während Presbyterianer sie akzeptieren und dass die methodistische Kirche nach traditionellen bischöflichen Linien organisiert ist, während Presbyterianer ihr eigenes einzigartiges Führungssystem haben Älteste (oder "Presbyter"). Ansonsten teilen diese beiden christlichen Konfessionen viele der gleichen Eigenschaften.
Die Annahme oder Ablehnung der calvinistischen Prädestinationslehre ist ein grundlegender und weitreichender Unterschied. Kurz gesagt, die Lehre von John Calvin besagt, dass nur bestimmte Menschen zur Erlösung bestimmt sind, während der Rest zur Verdammnis bestimmt (oder von Gott "hingegeben" ist).
Mit anderen Worten, im Gegensatz zu allen anderen großen christlichen Konfessionen glauben Presbyterianer, dass Gott aktiv Menschen ausgewählt hat, um auf seine Einladung zur Erlösung zu antworten.
Die Organisation des Presbyterianismus ist ein weiterer wichtiger Unterschied. Älteste werden von den Laien gewählt und zu Autoritätspositionen ordiniert. Ihre Rolle besteht dann darin, den Interessen ihrer Gemeinde als Teil einer leitenden Körperschaft oder „Sitzung“ zu dienen. Wenn mehrere Sitzungen zusammenkommen, um kirchliche Angelegenheiten zu besprechen, werden sie "Presbyterium" genannt. Zusammengenommen werden mehrere Presbyterien als "Synode" bezeichnet. Wenn Synoden zusammenkommen, um Angelegenheiten zu diskutieren, die die Konfession insgesamt betreffen, bilden sie die presbyterianische „Generalversammlung“.
