Peanut, der königsblaue Elefant, Coral Casino der Bär, Trap the Mouse und Slither the Snake sind einige der seltensten und teuersten TY-Beanie-Babys zum Sammeln. Andere seltene Beanie-Babys sind Peking der Panda, Senna-Kun der Hund, Softbank Hawks der Bär und der Hongkonger Bär. Von diesen seltenen TY Beanie Babies enthalten diejenigen, die den höchsten Verkaufspreis erzielen, das noch angebrachte Original-Hängeschild.
Rex der Dinosaurier, Steg der Dinosaurier, Bronty der Dinosaurier und Caw die Schwarze Krähe sind ebenfalls seltene Sammelbeanie-Babys. In jeder der drei Generationen von Beanie Babies gibt es mehrere seltene Tiere, die in neuwertigem Zustand hohe Preise erzielen. Bumble the Bee, Dusty the Bear, Lucky the Ladybug, Manny the Manatee und Princess the Bear sind weitere Beanie Babies, die weniger selten sind als einige der anderen, aber immer noch deutlich über ihrem ursprünglichen Kaufpreis liegen.
Viele der seltenen Beanie-Babys zum Sammeln erinnern an ein bestimmtes Ereignis und waren nur während des Ereignisses erhältlich, was ihre Veröffentlichung umso begrenzter macht. Noch seltenere Beanie-Babys sind Tiere mit kurzer Laufzeit, die eingestellt oder verändert wurden, was die produzierte Menge begrenzt und ihre Kosten erhöht.
