Zu den Nachteilen von Antibiotika zählen die Unwirksamkeit gegen Viren, potenzielle Arzneimittelwechselwirkungen, häufiger Missbrauch, Überbeanspruchung und potenzielle Nebenwirkungen. Darüber hinaus kann der weit verbreitete Einsatz von Antibiotika dazu führen, dass sich Bakterien zu antibiotikaresistenten Stämmen entwickeln.
Antibiotikaresistenz ist die Fähigkeit eines Bakteriums, hohen Antibiotikadosen standzuhalten und diese Fähigkeit an spätere Generationen weiterzugeben. Darüber hinaus können antibiotikaresistente Bakterien ihre Immunität durch Plasmide auf andere Stämme und Bakterienarten übertragen. Superbugs sind Bakterien, die nicht mehr auf eine antibiotische Behandlung ansprechen. Multiresistente Tuberkulose oder MDR-TB ist ein Superbug, der seit 2014 jedes Jahr 1/2 Million neue Fälle verursacht.
Antibiotika verursachen manchmal Arzneimittelwechselwirkungen, die ein Medikament unwirksam machen, Nebenwirkungen verursachen oder das biologische System eines Patienten schädigen. Das Mischen von Alkohol mit Antibiotika kann deren Wirksamkeit verringern oder Übelkeit, Erbrechen und Auswirkungen auf die Atemwege verursachen. Antibiotika machen die Antibabypille manchmal unwirksam. Rifampicin steht im Verdacht, diese Wirkung aufgrund des beschleunigten Abbaus der Wirkstoffe der Pille durch die Leber zu haben. Die Kombination von Chinolon und Kortikosteroiden kann Sehnenschäden verursachen.
Missbrauch und Überbeanspruchung sind zwei häufige Probleme. In der Vergangenheit verschrieben Ärzte Antibiotika, bevor sie feststellen konnten, ob eine Infektion bakteriell oder viral war. Landwirte und Tierärzte verwenden bei Nutztieren immer noch prophylaktische Antibiotika, die die Entwicklung von Superbakterien fördern. Patienten nehmen Antibiotika oft nicht genau wie verordnet ein, wodurch sich resistente Stämme entwickeln können.
Antibiotika können Nebenwirkungen wie Fieber, Durchfall, Übelkeit, allergische Reaktionen und physiologische Ungleichgewichte verursachen, die zu Sekundärinfektionen führen.