Zu den wichtigsten Flüssen Madagaskars gehören die Flüsse Betsiboka, Tsiribihina, Mangoky und Onilahy, die alle im östlichen Hochland beginnen und nach Westen zum Kanal von Mosambik fließen. Viele dieser Flüsse fließen durch fruchtbare Täler und liefern einen Großteil der Bewässerung der Insel für die Ernte. Der längste Fluss in Madagaskar ist der Betsiboka, der östlich von Antananarivo, der Hauptstadt und größten Stadt, fließt.
Der Betsiboka-Fluss fließt regelmäßig in den Hafen von Mahajanga an der Nordküste von Madgaskar. Aufgrund einer jahrhundertelangen extensiven Abholzung und heftiger Regenfälle in den frühen 2000er Jahren erlitt die Mündung von Betsiboka eine massive Erosion. Roter Schluff wurde mit tropischen Regenfällen von den Bergen und Hängen bis an die Küste getragen. Die Erosion verstärkte sich, als der tropische Wirbelsturm Gafilo 2004 Madagaskar traf. Hochseeschiffe konnten einst den Betsiboka hinauffahren, aber riesige Mengen an Schlick hindern riesige Schiffe daran, stromaufwärts zu fahren.
Madagaskars westliche Flüsse verlaufen langsamer und verteilen sich auf mehrere Flusstäler. Flüsse an der Ostküste fließen schnell vom Hochland in den Indischen Ozean. Mehrere östliche Flüsse weisen Wasserfälle auf, die in den Indischen Ozean münden.
Große Flüsse wie Betsiboka, Ikopa und Mangoky entwässern mehrere Hunderttausend Quadratkilometer Becken. Diese Becken sind verantwortlich für große Nutzpflanzen, Mangrovenbäume und tropische Wälder.
