Zu den Proteinen abbauenden Enzymen gehören Trypsin, Chymotrypsin, Pepsin, Thermolysin, Glutamyl-Endopeptidase, Elastase, Bromelain und Papain. Trypsin, Pepsin, Elastase, Thermolysin, Glutamyl, Endopeptidase und Chymotrypsin werden im menschlichen Körper hergestellt. Bromelain kommt aus Ananas und Papain aus Papayas. Diese Enzyme werden Proteasen genannt.
Die im Körper hergestellten Enzyme brechen im Allgemeinen die Bindungen langer Peptidketten und wandeln sie in kleinere Ketten um. Große Peptidketten sind zu groß, um durch den Dünndarm aufgenommen zu werden, wo ein Großteil der Verdauung stattfindet.
Jede Protease schneidet die Bindungen an einem bestimmten Punkt in der Peptidkette und jede funktioniert am besten bei einem bestimmten pH-Wert. Chymotrypsin beispielsweise verrichtet seine beste Wirkung bei pH 8, der leicht alkalisch ist. Pepsin funktioniert am besten bei pH2, was extrem sauer ist. Dies liegt daran, dass Pepsin von Zellen im Magen freigesetzt wird, wo die Nahrung in einem Bad aus Enzymen und Salzsäure verarbeitet wird. Trypsin und Chymotrypsin werden jedoch in der Bauchspeicheldrüse produziert und in den Dünndarm ausgeschieden.
Bromelain kommt in der Frucht und im Stiel der Ananas vor. Bromelian und Papain werden als Fleischzartmacher und als Ergänzungsmittel zur Behandlung von Erkrankungen wie Sportverletzungen und Wunden verwendet.