Weißeiche, Hickory- und Walnussbäume haben alle tiefe Wurzelsysteme. Tiefe Wurzeln sind besser geeignet, um Feuchtigkeit und Nährstoffe zu erreichen und bieten die strukturelle Stabilität, die es den Bäumen ermöglicht, größer zu werden. Tiefe Wurzelsysteme können Fundamente, Rohrleitungen und Keller von nahegelegenen Bauwerken beschädigen.
Die tiefsten Wurzeln, die als Pfahlwurzeln bekannt sind, entstehen aus keimenden Samen und wachsen weiter, während der Baum reift. Herzwurzeln bestehen aus mehreren Primärwurzeln, die mit zahlreichen Sekundärwurzeln verbunden sind. Herzwurzeln können an der Basis des Stammes sichtbar sein und sind ein gemeinsames Merkmal von Roteichen, Bergahorn und Großzahnahorn. Selbst Bäume, die nicht besonders tief verwurzelt sind, können aufgrund des aggressiven Wachstums ihres Wurzelsystems dennoch Versorgungseinrichtungen und Strukturen beschädigen.
Bäume und andere Gefäßpflanzen haben Wurzelsysteme, die sich normalerweise unter der Erde befinden, obwohl einige Bäume Luft- oder Belüftungswurzeln haben können. Wurzeln versorgen Bäume mit Feuchtigkeit und Nährstoffen und verankern sie. Manche Bäume verwenden sogar ihre Wurzeln, um Nahrung und Nährstoffe zu speichern. Ein Wurzelsystem besteht aus mehrjährigen Primärwurzeln und Sekundärwurzeln, die als Reaktion auf die Ausdehnung des Blätterdachs in Wellen wachsen.
Ein wilder Feigenbaum in den Echo Caves in der Nähe von Ohrigstad, Transvaal, Südafrika, besitzt eine gemeldete Wurzeltiefe von 393,7 Füßen, die tiefste, die jemals aufgezeichnet wurde.