Japanischer Ahorn ist anfällig für Krankheiten wie Anthracnose, Verticilliumwelke, Teerflecken, Blattflecken, Blattbrand und Wurzelfäule. Einige dieser Krankheiten sind potenziell tödlich, während andere normalerweise harmlos sind und nur kosmetisch.
Verticillium-Welke ist eine der gefährlichsten Krankheiten des japanischen Ahorns. Sie wird durch einen im Boden lebenden Pilz verursacht, der sehr schwer auszurotten ist. Der Pilz greift den Baum durch seine Wurzeln an und befällt manchmal eine Seite des Baumes, während er die andere intakt lässt. Verticillium-Welke hemmt den Wasserfluss und produziert Giftstoffe. Blätter mit braunen Rändern werden kleiner als normal, welken dann und fallen ab. Schließlich stirbt der Baum. Einige Bäume erholen sich, wenn betroffene Äste beschnitten werden. Der beste Weg, die Krankheit zu verhindern, besteht darin, den Boden vor dem Pflanzen in der Gegend auf den Pilz zu testen.
Anthracnose zeigt sich zuerst als braune Flecken auf den Blättern. Schließlich entwickelt der Baum Krebs an seinen Ästen und am Stamm. Dies sind tote Bereiche, die den Baum umgeben und manchmal töten. Anthraknose wird auch durch einen Pilz verursacht, aber das Abrechen von beschädigten Blättern, Düngen, Gießen und Auftragen von Fungiziden sind wirksame Schritte, um dem Baum bei der Genesung zu helfen.
Wurzelfäule verursacht verfärbte Blätter, Krebs und verkümmertes Wachstum und kann schließlich tödlich sein. Teerfleck, Blattfleck und Blattbrand sind alles Krankheiten, die das Aussehen der Blätter beeinträchtigen, aber ansonsten für den Baum nicht schädlich sind. Das Abrechen von abgefallenem Laub und das Besprühen mit Fungiziden helfen, diese Krankheiten zu kontrollieren.