Calcit kommt als Stalaktiten und Stalagmiten in Höhlen vor und kommt auch in Mineralvorkommen in heißen Quellen vor. Es bildet die Schalen von Meeresorganismen wie Muscheln und Stachelhäutern.
Calcit kommt in Sedimentgesteinen vor, hauptsächlich Kalkstein, der aus den Schalen toter Meeresorganismen besteht.
In Kalksteinhöhlen rieselt Regenwasser über Felsen und nimmt Kohlendioxid und andere Mineralien aus Kalkstein auf. Diese Kombination erzeugt Calciumbicarbonat, das im Wesentlichen eine gelöste Version von Calcit im Wasser ist. Das Wasser tropft von der Decke und hinterlässt Calcit, der mit der Zeit zu einem Tropfstein wird. Ein Stalagmit bildet sich, wenn der Stalaktit Wasser auf den Höhlenboden tropft und das Wasser mit der Zeit Calcit in einem aufsteigenden Haufen ablagert.
Calcit kommt in den Schalen von Muscheln, Korallen, Krabben und anderen Meeresorganismen vor. Es ist auch in den harten Teilen von Rotalgen, einigen Röhrenwürmern und einigen Schwämmen vorhanden. Es kommt in vulkanischen Gesteinen oder Mantelgesteinen wie Kimberlit, Karbonatiten und Peridotiten vor.
Die Snowy River Cave in New Mexico enthält ein Bachbett aus weißem Calcit, das Mikroorganismen und Grundwasser zugeschrieben wird, die die Höhlenwände im Laufe der Zeit auflösen.
Die größten jemals aufgezeichneten Calcitkristalle wurden in Island entdeckt und wogen etwa 250 Tonnen.