Während es zwischen 1942 und 1945 eine japanische Besetzung der Republik der Philippinen gab, die von den Filipinos weithin abgelehnt wurde, ist Japan seit dem Ende des Zweiten Weltkriegs ein wichtiger Handelspartner, der dazu beigetragen hat, die philippinische Wirtschaft anzukurbeln . Auch Japan unterstützte 1980 die neue philippinische Regierung. Vor kurzem hat Japan den Philippinen auch dringend benötigte Hilfe für den Wiederaufbau nach dem Taifun Haiyan bereitgestellt.
Die Japaner marschierten am 8. Dezember 1941 als strategischer Schachzug gegen die Vereinigten Staaten auf die Philippinen ein. Diese Invasion begann weniger als einen Tag nach dem japanischen Angriff auf Pearl Harbor und schließlich errichteten die Japaner eine starke Militärpräsenz auf den Philippinen. Während die Japaner den Inseln nach dem Krieg die Unabhängigkeit versprachen, lehnten die meisten philippinischen Staatsangehörigen die Besetzung ab und viele kämpften aktiv gegen die Japaner. Schließlich kapitulierten die Japaner und verloren 1945 die Kontrolle über die Philippinen.
Seit dem Ende des Krieges und der japanischen Besatzung haben sich die philippinisch-japanischen Beziehungen verstärkt. Die Japaner haben als wichtiger Handelspartner gedient, um die philippinische Wirtschaft wieder aufzubauen und zu stimulieren, und die Japaner halfen in den 1980er Jahren beim Wiederaufbau der philippinischen Regierung. Japan leistet den Philippinen weiterhin humanitäre und wirtschaftliche Hilfe, insbesondere während der Wiederherstellungsphase nach Taifun Haiyan.
