Gummistopfen werden häufig als Dichtung für Reagenzgläser bei chemischen Arbeiten verwendet. Gummistopfen sind in verschiedenen Größen und Abmessungen erhältlich, damit sie sicher und richtig in Reagenzgläser, Kolben und andere Chemiegeräte passen.
Gummistopfen dienen als Korken für Wein- und Champagnerflaschen. Sie dienen auch als Stopfen in einer Vielzahl von Anwendungen, wie zum Beispiel beim Auffangen und Einschließen von Lösungsmitteln. Für temperaturempfindliche Arbeiten stellen Hersteller bestimmte Stopfen mit Silikon her. Andere Anwendungen für Gummistopper sind die Verwendung von Stoppern als Klemmen, Türstopper, Greifer und Stoßfänger.
Chemiker verwenden Gummistopfen, um zu verhindern, dass bei reaktionären Arbeiten nicht nur Flüssigkeiten, sondern auch Gase aus Fläschchen und Reagenzgläsern austreten. Gummistopfen halten Flüssigkeiten und Gase schnell an Orten ohne Zeitverlust beim Aufschrauben einer Kappe oder eines Deckels.
Eine weitere Verwendung für Gummistopfen ist die Herstellung und der Transport von verschreibungspflichtigen Medikamenten. Speziell entwickelte Gummistopfen reduzieren die Wechselwirkungen zwischen den Materialien des Stopfens und den bei der Herstellung des Arzneimittels verwendeten Inhaltsstoffen. Stopfen halten die verschreibungspflichtigen Medikamente während des Arzneimittelherstellungsprozesses in Glasfläschchen, um Lecks, Gefahren und Kontamination zu verhindern.
Je nach Art des Projekts benötigt ein Chemiker einen Gummistopfen mit oder ohne Löcher. Bei bestimmten Arten chemischer Reaktionen erzeugt das Gas im Reagenzglas einen Druck, der das Glas des Reagenzglases zerbricht, wenn die Reaktion nicht richtig belüftet wird. Ein Gummistopfen mit Belüftungslöchern verhindert solche Probleme bei Chemiearbeiten.