Die zwei Königreiche von Bakterien sind Archaebakterien und Eubakterien. Die beiden Königreiche wurden früher in ein Königreich, Monera, eingeteilt, aber die beiden Bakterienarten haben genügend Variationen gezeigt, um eine Neuklassifizierung in zwei separate Königreiche zu rechtfertigen.
Obwohl sowohl Archaebakterien als auch Eubakterien Prokaryoten sind, d. h. sie haben keine membrangebundenen Strukturen, die Organellen genannt werden, aber die beiden Königreiche weisen so viele Unterschiede auf, dass jedes zu einer separaten Domäne gehört. Die anderen vier Königreiche, Protisten, Pilze, Pflanzen und Tiere, gehören zu einer einzigen Domäne.
Die Archaebakterien umfassen Organismen, die in lebensfeindlichen Umgebungen wie heißen Quellen, Salzwasser und Tiefseeschloten leben. Zu den Eubakterien gehören die Bakterien, die dem Menschen bekannter sind. Die Cyanobakterien oder Blaualgen gehören zu den Eubakterien. Andere Eubakterien verursachen beim Menschen Krankheiten wie Streptokokken und Botulismus.
