Zu den wichtigsten Gewässern in Maine gehören Flüsse, Seen und das Meer. Maine hat eine Küstenlinie von mindestens 230 Meilen, die an den Atlantik grenzt. Der Golf von Maine ist das Gebiet des Atlantischen Ozeans zwischen Cape Cod, Massachusetts, und Nova Scotia, Kanada.
Der Moosehead Lake im Zentrum von Maine ist der größte See des Staates. Es ist auch der größte See, der sich vollständig in den Neuenglandstaaten befindet. Der Kennebec River beginnt am Moosehead Lake und fließt etwa 250 Meilen nach Süden, bevor er am Golf von Maine endet. Der Androscoggin River fließt von New Hampshire aus in Maine und fließt etwa 175 Meilen lang, bevor er sich mit dem Kennebec River verbindet. Das Penobscot River System, das den Penobscot River und mehrere Nebenflüsse umfasst, ist das längste Flusssystem in Maine. Es ist etwa 350 Meilen lang. Der St. John River ist Teil der Grenze zwischen Maine und Kanada. Etwa 210 Meilen des St. John River grenzen an den Staat.
Viele andere Seen befinden sich in Maine. Zu den wichtigsten Seen gehören der Rangeley Lake im Franklin County, der Great Pond und der Cobbosseecontee Lake im Kennebec County, die Richardson Lakes im Oxford County und der Sebago Lake im Cumberland County. Maine hat auch Tausende kleinerer Seen und Flüsse.
