Die wichtigsten Flüsse Puerto Ricos sind der La Plata River, der Río Grande de Loíza, der Bayamón River und der Río Grande de Arecibo. Alle großen Flüsse Puerto Ricos fließen nach Norden über die Berge zum Atlantik.
Der Fluss La Plata ist der längste der Flüsse und befindet sich im nördlichen Teil der Insel. Es ist ungefähr 60 Meilen lang. Der Río Grande de Loíza ist der breiteste und zweitlängste der Insel mit einer Länge von 65 km. Der Fluss Rio Bayamón fließt durch die Gemeinde Bayamon, die sich im nördlichen Küstental befindet. Der Río Grande de Arecibo durchfließt auch den nördlichen Teil der Insel und passiert eine 200 Meter tiefe und 800 bis 1.200 Meter breite Schlucht.
Im südlichen Teil der Insel gibt es weniger Flüsse, und sie sind im Allgemeinen kürzer und haben ein geringeres Volumen als die Flüsse im Norden. Viele der Flüsse, die nach Süden fließen, sind die meiste Zeit des Jahres trocken. Puerto Rico hat keine großen, natürlichen, mehrjährigen Seen, aber es gibt 15 Stauseen, die als Seen bezeichnet werden. Diese Stauseen entstehen durch das Aufstauen der Hauptflüsse.
