Die wichtigsten Flüsse auf den Philippinen sind der Cagayan River, der Rio Grande de Mindanao und der Agusan River. Das Land hat insgesamt 421 Flüsse, aber Wissenschaftler halten 50 von ihnen für biologisch tot.
Der längste Fluss der Philippinen ist der Cagayan River. Es ist 314 Meilen lang und liegt auf der Insel Luzon, die im nördlichen Teil des Landes liegt. Der Cagayan River ist anfällig für Überschwemmungen, insbesondere bei starken Regenfällen. Der Cagayan River fließt von den Caraballo Mountains zum Babuyan Channel. Der zweitgrößte Fluss ist der Rio Grande de Mindanao, der im südlichen Teil der Philippinen auf der Insel Mindanao liegt. Die Einheimischen nutzen den Fluss, um landwirtschaftliche Güter sowie Holz zu transportieren. Der Rio Grande de Mindanao beginnt am Impasug-ong-Gebirge und endet am Golf von Moro. Im Osten liegt der Agusan River, der im Compostela Valley beginnt und in die Bhutan Bay mündet. Er ist der drittgrößte Fluss der Philippinen. In und in der Nähe dieses Flusses findet man viel Torf und Sago und ist die Heimat von Wanderenten, die auch in den angrenzenden Seen leben. Der Agusan ist bei starken Regenfällen anfällig für Sturzfluten.
