Die wichtigsten physischen Merkmale Japans sind Bergketten, Vulkane und dichte Wälder. Das Land verfügt über wenige Ebenen, die hauptsächlich an der Küste vorkommen, eine kleine Anzahl von Seen und mehrere kurze Flüsse.
Etwa 80 % Japans sind gebirgig mit inaktiven und aktiven Vulkanen. Die Japanischen Alpen, die sich auf der Insel Honshu befinden, sind riesige Berge, die zwischen 8.000 und 3.500 Fuß hoch sind. Japans höchster Berg liegt in der Nähe von Tokio. Dieser Vulkankegel namens Fujiyama erreicht eine Höhe von 12.389 Fuß. Vulkane sind ein wichtiges Merkmal Japans. Auf den japanischen Inseln gibt es 192 Vulkane, von denen nur 50 als aktiv gelten.
Ein weiteres herausragendes physisches Merkmal ist die Kanto-Ebene. Obwohl nur 20 Prozent Japans flach sind, ist die Kanto-Ebene groß. Hier liegt Tokio. Die wenigen Ebenen sind wichtig, weil hier die Mehrheit der Bevölkerung lebt und dort Landwirtschaft und Produktion betrieben wird.
Obwohl es nur wenige Seen gibt, ist der größte der Biwa-See. Es liegt auf Honshu und ist 265 Quadratmeilen groß. Ein weiteres wichtiges Gewässer ist das Binnenmeer, das sich zwischen drei der japanischen Inseln befindet: Shikoku, Kyushu und Honshu. Es gibt viele Flüsse in Japan, aber keiner kann mit dem Boot befahren werden. Diese Flüsse sind jedoch wichtige Quellen für Bewässerung und Wasserkraft. Der längste Fluss ist Shinano mit einer Länge von 230 Meilen.