Der Hauptnachteil von USB-Flash-Laufwerken sind ihre begrenzten Schreib- und Löschzyklen. Ein USB-Stick kann nur etwa 100.000 Mal beschrieben und gelöscht werden. Auch wenn dies für den durchschnittlichen Benutzer möglicherweise keine großen Auswirkungen hat, sollte es für Benutzer, die den USB-Stick zum Ausführen eines Betriebssystems oder einer Anwendungssoftware verwenden möchten, eine wichtige Überlegung sein.
Thumb-Laufwerke sind kompakt und tragbar, aber durch ihre geringe Größe können sie leichter verlegt und verloren werden. Um Abhilfe zu schaffen, konstruieren einige Hersteller Flash-Laufwerke so, dass sie an Schlüsselbändern, Halsketten und Schlüsselanhängern befestigt werden können. Flash-Laufwerke sind dafür bekannt, Computerviren zu verbreiten. Wenn das USB-Laufwerk keinen Schreibschutzmechanismus hat, wird es sofort infiziert, wenn ein virenverseuchter Computer verwendet wird, um auf seinen Inhalt zuzugreifen.
Der Preis pro Speichereinheit von USB-Flash-Laufwerken ist höher als der von externen Festplatten. Sie haben auch eine geringere Kapazität. Flash-Laufwerke können bis zu 128 GB Speicherplatz haben, während externe Festplatten bis zu 2 TB Speicherplatz haben können. Flash-Speicher ist leicht anfällig für statische Elektrizität und selbst die kleinste elektrische Ladung kann zu Datenverlust und irreversiblen Schäden führen. Die wichtigste erlösende Eigenschaft von Flash-Laufwerken ist, dass sie tragbar und praktisch sind.
