Sticks können zwar eine einfache Möglichkeit sein, Dateien zwischen Computern zu übertragen, sie können aber auch ein Vektor für Malware-Infektionen sein. Jeder Computer mit aktivierter Autoplay-Funktion kann infizierte Dateien auf einem USB-Stick automatisch ausführen , eine Infektion auslösen. Pen Drives haben im Vergleich zu anderen Medienformen auch eine relativ kurze Lebensdauer, da jede Zelle des Flash-Speichers nur eine bestimmte Anzahl von Neuschreibvorgängen akzeptieren kann.
Sticks können auch durch PC-Hardware eingeschränkt werden. Die Geschwindigkeit, mit der Dateien gelesen oder geschrieben werden können, hängt von der auf dem jeweiligen PC installierten USB-Version ab. USB 2.0 kann etwa 60 Megabyte pro Sekunde übertragen, was die Übertragung großer Dateien zu einer mühsamen Aufgabe machen kann. USB 3.0 hingegen kann Geschwindigkeiten von bis zu 640 Megabyte pro Sekunde erreichen. Allerdings können nur sehr wenige USB-Sticks diese Höchstgeschwindigkeit erreichen, was die Benutzer zwingt, genau auf die Spezifikationen zu achten, um den schnellstmöglichen USB-Stick zu erhalten.
Pen-Laufwerke sind auch anfällig für Hardwarefehler. Das Innere eines USB-Sticks ist oft einfach eine Platine, die an den USB-Stecker gelötet ist, und da diese Geräte seitlich oder vorne aus einem Computer herausragen, neigen sie dazu, sehr leicht angestoßen oder getroffen zu werden. Der Verbindungspunkt ist die schwächste Stelle und ein Fehlerpunkt, wodurch es leicht wird, die USB-Verbindung zu unterbrechen und das Laufwerk unbrauchbar zu machen.
