Der Hauptnachteil integrierter Pakete besteht darin, dass sie im Vergleich zu eigenständigen Anwendungen weniger leistungsstark sind. Sie haben normalerweise weniger Funktionen im Vergleich zu ihren Gegenstücken zu Allzweckpaketen.
Da alle Anwendungen innerhalb des Pakets bei einem einzigen Start geladen werden, werden sie alle gleichzeitig in den Speicher geladen, auch wenn die auszuführende Aufgabe einfach ist und nicht viel Rechenleistung erfordert.
Trotz ihrer Mängel sind integrierte Pakete im Allgemeinen billiger als separate Programme. Alle Anwendungen in einem integrierten Softwarepaket haben normalerweise eine ähnliche grafische Benutzeroberfläche, die den Wechsel zwischen Anwendungen nahtlos und einfach macht.
