Zu den Nachteilen der regionalen Wirtschaftsintegration gehören eine Verlagerung von Arbeitskräften, eine geringere Effizienz im Handel, die Schaffung von Handelshemmnissen für Nichtmitglieder und ein gewisser Verlust an Souveränität. Die wirtschaftliche Integration ist, wird jedoch als Schlüssel zur internationalen Entwicklung angesehen, da es mehrere Handelsbarrieren zwischen den Mitgliedstaaten abbaut.
Ein Nachteil der regionalen Wirtschaftsintegration besteht darin, dass sie eine Verlagerung von Arbeitskräften fördert. Bietet beispielsweise eine bestimmte Region lukrative Möglichkeiten, ziehen die meisten Fachkräfte aus ihrem Heimatland in das Land mit besseren Chancen. Dies kann das Heimatland vor neue Herausforderungen stellen, wenn es versucht, mit den anderen zu konkurrieren.
Ein weiterer Nachteil ist, dass es zu Handelsineffizienzen kommen kann. Handelt beispielsweise ein Land traditionell mit einem bestimmten Land, kann sein Handel möglicherweise eingestellt werden, wenn neue Gesetze erlassen werden, die Länder daran hindern, mit anderen, die nicht der Wirtschaftsunion angehören, Handel zu treiben. Länder innerhalb der Gewerkschaft können niedrigere Preise anbieten oder zu teuer sein, was den Handel erschwert oder weniger lukrativ macht.
Sobald neue regionale Gesetze in Kraft treten, können die Mitgliedsländer in bestimmten Angelegenheiten ihre Souveränität verlieren. Die neuen Gesetze können allen Ländern auferlegen, sich zu beraten und einen Konsens zu erzielen, bevor sie neue Dinge tun, und dies kann als Souveränitätsverlust angesehen werden.
