Einige der Nachteile der Gentechnik sind Gesundheitsrisiken, Umweltauswirkungen, Auswirkungen auf Landwirtschaft und Industrie sowie ethische Fragen, die sich aus der Technik ergeben können. Die Nachteile unterscheiden sich je nach Art der durchgeführten Gentechnik. Die landwirtschaftliche Gentechnik wirkt sich eher auf die Gesundheit aus und die Tiertechnik hat eher Auswirkungen auf die Umwelt.
Der Hauptnachteil der Gentechnik ist das Gesundheitsrisiko. Einige Kritiker behaupten, gentechnisch veränderte Pflanzen seien von Natur aus unsicher, aber dies kann nicht wirklich überprüft werden, da viele Daten zu gesundheitlichen Auswirkungen von der Gentechnik-Industrie kontrolliert werden. Was Wissenschaftler wissen ist, dass Gesundheitsgefahren vorhanden sind. 1996 gab es in Brasilien und 1990 in Amerika dokumentierte Fälle von technisch hergestellten Lebensmitteln, die allergische Reaktionen, die Weitergabe von Krankheiten und sogar den Tod verursachten.
Ein weiterer Nachteil der Gentechnik sind die damit verbundenen Umweltprobleme. Gentechnisch veränderte Pflanzen können für Wildtiere, die die Nahrung zum Überleben brauchen, giftig werden, und die Technik hat auch Arten von Unkräutern geschaffen, die gegen Pestizide resistent sind. Diese neuen "Super-Unkräuter" können Ernten ersticken und Landwirtschaft und Lebensräume zerstören.
Bestimmte ethische Fragen werden durch die Gentechnik aufgeworfen. Wissenschaftler, Politiker und Wissenschaftler debattieren über den Einsatz von Technik zur Verbesserung von Menschen, Tieren und Pflanzen. Organisationen wie Greenpeace lehnen den Einsatz von Gentechnik laut Greenpeaces Website vehement ab, und andere glauben, dass Gentechnik der Schlüssel zu sichereren und reichhaltigeren Lebensmitteln sowie gesünderen Menschen und Tieren ist.
