Einheimische Mikroflora ist definiert als die Gemeinschaft von Mikroorganismen, die auf oder in einem anderen lebenden Organismus oder in einer bestimmten Umgebung leben. Zu diesen Mikroorganismen gehören Bakterien, Algen und Pilze.
Gesundes tierisches Gewebe wie Blut und Muskeln ist normalerweise frei von Mikroorganismen, aber es gibt viele Stellen am und innerhalb des gesunden Körpers, an denen Mikroorganismen immer vorhanden sind, einschließlich der Haut, der Schleimhäute und des Darms Trakt. Diese normale Flora, auch "einheimische Mikrobiota" genannt, ist im Allgemeinen nicht pathogen und bietet in den meisten Fällen Vorteile für den Wirt. Die Beziehung zwischen dem Wirt und seiner Flora kann größtenteils als "gegenseitig" bezeichnet werden. Während der Wirt die Bakterien ständig mit Nährstoffen versorgt und sie vor der Umwelt schützt, unterstützen die Bakterien die Verdauungsprozesse des Wirts und helfen, den Wirt vor einer Infektion durch pathogene Mikroben zu schützen.
Die Mikroben, die den durchschnittlichen gesunden menschlichen Körper bewohnen, repräsentieren eine große Anzahl von Zellen. Der menschliche Körper besteht aus ungefähr 10 Billionen Zellen, aber laut Discover Magazine liegt die Anzahl der Bakterienzellen, die der Körper beherbergt, näher bei 100 Billionen oder zehnmal so vielen. Da Bakterienzellen jedoch so winzig sind, würde diese gesamte mikrobielle Population nur einen halben Liter großen Krug füllen.
