Der tiefste Teil des Atlantikbeckens ist der Puerto-Rico-Graben, der von der Nordküste Hispaniolas östlich bis zu einem Punkt jenseits der Kleinen Antillen verläuft. Dieser Graben erreicht eine maximale Tiefe von 28.374 Fuß , die etwa 8.000 Fuß flacher ist als der Marianengraben im Pazifik.
Der Puerto-Rico-Graben bildete sich entlang der Grenze zwischen der karibischen Platte und der nordamerikanischen Platte. An der Transformationsstörung zwischen diesen Platten findet nur sehr wenig Subduktion statt, und der größte Teil der Bewegung ist lateral. Dies verringert die vulkanische Aktivität in der Region, erhöht jedoch das Erdbebenrisiko erheblich.