Bis November 2015 war Johnny Mathis noch nie verheiratet. Mathis bezeichnete sich 1982 in einem Interview für das Us Magazine versehentlich als homosexuell, in dem er kryptisch erklärte, er habe sich an den homosexuellen Lebensstil gewöhnt .
Mathis' Kommentare in seinem Interview mit dem Us Magazine waren umstritten und Mathis weigerte sich, seine Aussagen zu klären, was viele Fans über seine sexuelle Orientierung verunsicherte. Mathis hat seine Homosexualität in einem Podcast-Interview 2006 offiziell anerkannt und erklärt, dass seine Zurückhaltung, seine Aussagen zu klären, auf Morddrohungen zurückzuführen sei, die er als Reaktion auf den Artikel erhalten habe. Mathis gab auch zu, dass seine Zurückhaltung, seine sexuelle Orientierung anzuerkennen, teilweise auf die sozialen Normen seiner Generation zurückzuführen war.