Ein Thema in Stephen Vincent Benets "By the Waters of Babylon" untersucht, wie es Zivilisationen nach weit verbreiteten Atomangriffen geht. Ein weiteres Thema untersucht, wie John während seiner Reise durch das Land erwachsen wird.
Während seiner Ausbildung zum Priester hatte John die Vision, den Ort der Götter zu betreten, wie New York City viele Generationen nach der Zerstörung des größten Teils der Welt durch einen Atomkrieg genannt wird. Von seinem Vater ermutigt, zum Ort der Götter zu reisen, macht sich John auf den Weg, vorbei an "Toten Orten" oder Strukturen, die noch radioaktiv sind. Obwohl John einmal mit seinem Vater in einen Toten Ort ging, fürchtet er sich immer noch vor ihnen und was passieren kann, wenn er drinnen ist. Auf seiner Reise überwindet er seine Angst und wird erwachsen. Er betritt diese Toten Orte und findet ein rostiges Messer in einem, ein nützliches Werkzeug in einer Gesellschaft, in der die meisten Menschen mit Pfeil und Bogen jagen.
An der Stelle der Götter erkennt John, dass es wahrscheinlich sicher ist. Er beschließt, die in der Stadt verbliebenen Bücher zu studieren und dieses Wissen mit nach Hause zu nehmen. Er ist sich nicht bewusst, dass dadurch diejenigen, die bleiben, Gefahr laufen, die Ereignisse zu wiederholen, die den Atomkrieg ursprünglich auslösten. "By the Waters of Babylon" warnt vor den Folgen eines Atomkriegs und erinnert daran, dass sich die Geschichte ohne Intervention wiederholt.
Nach einem Vers in Psalm 137 benannt, untersucht "By the Waters of Babylon" die physischen Überreste eines postapokalyptischen Amerikas, wie Türme und Denkmäler, und auch die emotionalen Überreste eines Volkes, das von Ereignissen außerhalb des ihre Kontrolle.
