Die meisten Theorien darüber, woher das Rote Meer seinen farbenfrohen Namen hat, basieren auf einer roten Bakterienblüte, die regelmäßig auf seiner Oberfläche erscheint, einer Richtungsassoziation oder ihrer Verbindung mit den Himyariten, den Herrschern von Saba. Keine historischen record gibt den genauen Grund an.
Die offensichtlichste Antwort der drei möglichen Gründe ist das Trichodesmium-Bakterium, das oft als "Meersägemehl" bezeichnet wird und in der Nähe der Wasseroberfläche schwimmt und einen rötlichen Farbton hat. Dies ist das gleiche Bakterium, das sich in sauerstoffarmem Meerwasser bildet und manchmal eine "rote Flut" verursacht.
In der Antike war Rot eine von mehreren Farben, die mit Richtungen verbunden waren. Schwarz war Norden, Rot war Süden, Grün war Westen und Weiß war Osten. Diese Theorie geht davon aus, dass das Rote Meer südlich des alten Nahen Ostens lag.
Die letzte Theorie besagt, dass das Meer nach den Himyariten benannt wurde, einem Volk, das einst an seinen Ufern in der Nähe des Jemen und Äthiopiens lebte. Die Himyariten wurden auch mit dem Königtum von Saba in Verbindung gebracht. "Himyer" bedeutet frei übersetzt "rot", und Sheba ist dem alten hebräischen "seba" oder rot sehr ähnlich. Es ist zwar ungewiss, warum sie das "rote Volk" genannt wurden, aber es ist möglich, dass dies mit dem berühmten königsvioletten Farbstoff zusammenhängt, der aus der Murex-Molluske gewonnen und in der Region aktiv geerntet und verarbeitet wurde. Tyrianisches Purpur, einer aus dieser Gruppe von Farbstoffen, ist näher an Rot und färbt die Hände von Färbern.